Moving Average Imagej

Este comando conta e mede objetos em imagens binárias ou de thresholded de acordo com os parâmetros definidos com a caixa de diálogo AnalyzegtSet Measurements. Funciona digitalizando a imagem ou seleção até encontrar a borda de um objeto. Em seguida, descreve o objeto usando a ferramenta varinha. Mede-o usando o comando Medir, enche-o para torná-lo invisível e, em seguida, retoma a digitalização até chegar ao final da imagem ou seleção. Pressione a tecla Esc para interromper este processo. Use ImagegtAdjustgtThreshold para limiar uma imagem. Use a caixa de diálogo para configurar o analisador de partículas. Partículas fora do intervalo especificado no campo Tamanho são ignoradas. Insira um único valor em Tamanho e as partículas menores do que esse valor serão ignoradas. Partículas com valores de circularidade fora do intervalo especificado no campo Circularity também são ignoradas. A fórmula para circularidade é 4pi (área / perímetro2). Um valor de 1,0 indica um círculo perfeito. Para partículas pequenas, a circularidade pode ser gt1 (devido à definição de perímetro e área em uma grade quadrada). Nesses casos, o valor de 1.0 é retornado (antes v1.37 isso foi definido como -1.0). Observe que o campo Circularity foi adicionado em ImageJ 1.35e. Selecione Esboços no menu pop-up Mostrar: e ImageJ abrirá uma janela contendo contornos numerados das partículas medidas. Selecione Máscaras para exibir contornos preenchidos das partículas medidas ou Elipses para exibir a elipse de melhor ajuste de cada partículas medidas. Count Masks gera uma imagem de 16 bits mostrando as partículas pintadas com um valor correspondente ao número de partículas. Marque Exibir resultados para que as medições de cada partícula sejam exibidas na janela Resultados. Marque Limpar Resultados para apagar quaisquer resultados de medição anteriores. Marque Resumo para exibir, em uma janela separada, a contagem de partículas, área total de partículas, tamanho médio de partícula e fração de área. Verifique Excluir nas arestas para ignorar as partículas que tocam na borda da imagem ou da seleção. Verifique Incluir buracos e a partícula de área será medida contando a área de todos os buracos como se estivessem cheios. Deixe esta opção desmarcada para excluir furos interiores e para medir partículas encerradas por outras partículas. A seguinte imagem de exemplo contém partículas com furos e partículas dentro de outras partículas. A opção Record Starts grava as coordenadas iniciais (x, y) de cada partícula. Este é o primeiro pixel na partícula encontrada ao digitalizar a imagem (é o pixel mais à esquerda mais alto da partícula). Este pixel é muito especial, uma vez que permite que plugins e macros para: recriar um contorno de partículas usando a função doWand (x, y), recolorir, preencher ou apagá-lo usando a função floodFill () ), Reconstruir partículas usando o Starts como sementes com o binário reconstruir plugin. Outras coordenadas de partícula, como o Centro de Massa ou o Centróide, não são garantidas para ser sempre incluídas na partícula (por exemplo, pense em partículas com furos e partículas curvas). A macro CircularParticles demonstra como usar o Starts. Adicionar ao Gerenciador adiciona as partículas ROIs para o Gerenciador de ROI e mostra-las rotuladas (pressione Mostrar todos no Gerenciador de ROI para ocultar os rótulos) (adicionado em 1.37u). Métodos móveis: Como usá-los Algumas das funções primárias de uma média móvel são identificar tendências e reversões. Medir a força de um momento de ativos e determinar áreas potenciais onde um ativo vai encontrar apoio ou resistência. Nesta seção, iremos apontar como diferentes períodos de tempo podem monitorar o momento e como as médias móveis podem ser benéficas na definição de stop-loss. Além disso, vamos abordar algumas das capacidades e limitações de médias móveis que se deve considerar quando usá-los como parte de uma rotina de negociação. Tendência Identificar tendências é uma das principais funções de médias móveis, que são utilizados pela maioria dos comerciantes que procuram fazer a tendência de seu amigo. As médias móveis são indicadores de atraso. O que significa que eles não prevêem novas tendências, mas confirmam as tendências uma vez estabelecidas. Como você pode ver na Figura 1, um estoque é considerado em uma tendência de alta quando o preço está acima de uma média móvel ea média está inclinada para cima. Por outro lado, um comerciante usará um preço abaixo de uma média descendente inclinada para confirmar uma tendência de baixa. Muitos comerciantes só consideram a realização de uma posição longa em um ativo quando o preço está negociando acima de uma média móvel. Esta regra simples pode ajudar a garantir que a tendência funciona no favor dos comerciantes. Momentum Muitos comerciantes iniciantes perguntam como é possível medir momentum e como médias móveis podem ser usados ​​para enfrentar tal façanha. A resposta simples é prestar muita atenção aos períodos de tempo usados ​​na criação da média, pois cada período de tempo pode fornecer informações valiosas sobre diferentes tipos de momentum. Em geral, momentum de curto prazo pode ser medido olhando para médias móveis que se concentram em períodos de tempo de 20 dias ou menos. Olhando para as médias móveis que são criadas com um período de 20 a 100 dias é geralmente considerado como uma boa medida de médio prazo momento. Finalmente, qualquer média móvel que usa 100 dias ou mais no cálculo pode ser usada como uma medida de momentum de longo prazo. O senso comum deve dizer-lhe que uma média móvel de 15 dias é uma medida mais apropriada do momentum de curto prazo do que uma média móvel de 200 dias. Um dos melhores métodos para determinar a força ea direção de um momento de ativos é colocar três médias móveis em um gráfico e, em seguida, prestar muita atenção para a forma como eles se acumulam em relação um ao outro. As três médias móveis que são geralmente utilizadas têm margens de tempo variáveis ​​numa tentativa de representar movimentos de preços a curto, médio e longo prazo. Na Figura 2, observa-se forte impulso ascendente quando as médias de curto prazo se situam acima das médias de longo prazo e as duas médias são divergentes. Por outro lado, quando as médias de curto prazo estão situadas abaixo das médias de longo prazo, a dinâmica está na direção descendente. Suporte Outro uso comum de médias móveis é determinar suportes de preços potenciais. Não é preciso muita experiência em lidar com médias móveis para perceber que a queda do preço de um recurso muitas vezes parar e inverter direção no mesmo nível que uma média importante. Por exemplo, na Figura 3 você pode ver que a média móvel de 200 dias foi capaz de sustentar o preço do estoque depois que ele caiu de sua alta perto de 32. Muitos comerciantes vão antecipar um salto fora das principais médias móveis e usará outros Indicadores técnicos como confirmação do movimento esperado. Resistência Uma vez que o preço de um ativo cai abaixo de um nível influente de suporte, como a média móvel de 200 dias, não é raro ver a ação média como uma barreira forte que impede que os investidores empurrar o preço de volta acima dessa média. Como você pode ver a partir do gráfico abaixo, essa resistência é muitas vezes usado por comerciantes como um sinal para ter lucros ou para fechar qualquer posições longas existentes. Muitos vendedores curtos também usarão essas médias como pontos de entrada porque o preço geralmente salta fora da resistência e continua seu movimento mais baixo. Se você é um investidor que está mantendo uma posição longa em um ativo que está negociando abaixo das principais médias móveis, pode ser no seu melhor interesse para observar esses níveis de perto, porque eles podem afetar muito o valor de seu investimento. Stop-Losses As características de apoio e resistência de médias móveis torná-los uma ótima ferramenta para gerenciamento de risco. A capacidade de mover médias para identificar lugares estratégicos para definir stop-loss ordens permite que os comerciantes para cortar perder posições antes que eles possam crescer qualquer maior. Como você pode ver na Figura 5, os comerciantes que detêm uma posição longa em um estoque e definir suas ordens stop-loss abaixo médias influentes podem salvar-se muito dinheiro. O uso de médias móveis para definir ordens stop-loss é a chave para qualquer estratégia de negociação bem sucedida. Processamento de intensidade de imagem O brilho é a percepção visual da luz refletida. O brilho aumentado refere-se a uma luminância aumentada de imagens. Contraste é a separação das partes mais claras e mais escuras de uma imagem. Um aumento no contraste irá escurecer sombras e iluminar destaques. O contraste crescente é geralmente usado para tornar os objetos em uma imagem mais distinguíveis. Ajuste o brilho eo contraste com a opção Ajustar Brilho / Contraste. Para facilitar a visualização da imagem. Pressione o botão Auto para aplicar um estiramento de contraste inteligente para a exibição da imagem. O brilho eo contraste são ajustados tendo em conta o histograma das imagens. Se pressionado repetidamente, o botão aumenta a porcentagem de pixels saturados. O botão Reset faz com que o máximo 0 e o mínimo 255 em imagens de 8 bits eo máximo e mínimo igual aos valores de pixel menores e maiores no histograma de imagens para imagens de 16 bits. Se o botão Auto não produzir um resultado desejável, use a ferramenta de região de interesse (ROI) para selecionar parte da célula e algum plano de fundo e, em seguida, pressione o botão Auto novamente. O alongamento será então baseado nas intensidades do ROI. Pressionar o botão Aplicar altera permanentemente os valores de cinza reais da imagem. Se apenas analisar a intensidade da imagem não apertar este botão. Se você preferir que a imagem seja exibida como preto no branco em vez de branco no preto, use o comando invertido: Tabelas de pesquisa de imagem Inverter LUT. O comando Editar inverter inverte os valores de pixels em si permanentemente. Obtenção de valores de intensidade a partir de ROI único Se estiver trabalhando com uma pilha, o ROI selecionado pode ser analisado com o comando: Image Stacks Plot Z Axis Profile. Isso gera uma única coluna de números - uma intensidade de fatia por linha. As 6 linhas superiores da coluna são detalhes do ROI. Isso garante que o mesmo ROI não é analisado duas vezes e permite salvar ROIs interessantes. Os detalhes são compostos de área, coordenada x, coordenada y, AR, arredondamento e solidez do ROI. Se o ROI é um ROI polylinegtfreehand ao invés de um squaregtoval, ele age como se o ROI é um ovalgtsquare. O ROI (oval) pode ser restaurado inserindo os detalhes solicitados pelo comando Edit Selection Restore Selection (hotkey: Ctrl Shift E). Os resultados são exibidos em uma janela de plotagem com os detalhes do ROI no título da janela de plotagem. O gráfico contém os botões Lista, Salvar, Copiar. O botão Copiar coloca os dados na área de transferência para que ele possa ser colado em uma folha do Excel. As configurações para o botão de cópia podem ser encontradas em Editar opções de perfil de perfil de opções. As configurações recomendadas incluem: Não salve valores x (impede que os dados do número de fatia sejam colados no Excel) e Autoclose para que você não tenha que fechar o gráfico analisado de cada vez. Intensidade dinâmica vs Análise de tempo O plugin Plot Z Axis Profile (este é o Z Profiler de Kevin (Gali) Baler (gliblr no yahoo) e Wayne Rasband simplesmente renomeado) monitorará a intensidade de um ROI em movimento usando uma ferramenta de rastreamento de partículas. Esta ferramenta pode ser manual ou automática. Use o comando Image Stacks Plot Z Axis Profile. Obtendo valores de intensidade de vários ROIs Você pode analisar vários ROIs de uma só vez com o plugin Bob Doughertys Multi Measure. A função de gerenciador de ROI nativo faz um trabalho semelhante, exceto que não gera os resultados em colunas classificadas. Verifique o site Bobs para obter atualizações. O plug-in Multi Measure que vem com a instalação é v3.2. Abra a série confocal e remova o plano de fundo (Consulte Correção de fundo) Gere uma pilha de referência para a adição de ROIs. Use a função Image Stacks Z-project e selecione Average. Renomear esta imagem algo memorável. Abra o plug-in do Gerenciador de ROI (Ferramentas de análise do Gerenciador de Roi ou ícone da barra de ferramentas). Selecione ROIs e Adicionar ao gerenciador de ROI. Clique no botão Mostrar tudo para evitar a análise da mesma célula duas vezes. Depois de selecionar os ROIs a serem analisados ​​na imagem de referência, você pode desenhá-los para a imagem de referência clicando no botão Moregtgt e selecionando Draw. Salve a imagem de referência para a pasta de dados de experimentos e clique na pilha a ser analisada. Clique no botão Moregtgt no gerenciador de ROI e selecione o botão Multi Measure para medir todos os ROIs. Clique em OK. Isso colocará os valores de cada fatia em uma única linha com várias colunas por fatia. Clicando em Medir todos os 50 slices irá colocar todos os valores de todas as fatias e cada ROI em uma única coluna. Vá para a janela Resultados e selecione o item de menu Editar Selecionar tudo. . Em seguida, Editar / Copiar. Vá para o Excel e cole os dados. Verifique se tudo foi colado corretamente 10. Para copiar as coordenadas ROI para a planilha do Excel, é necessário que haja uma linha vazia acima dos dados de intensidade. Use a caixa de diálogo Medida múltipla e clique no botão Copiar lista. 14. No Excel, clique na célula vazia acima da primeira coluna de dados e cole nas coordenadas ROI. Salve os ROIs com o botão Multi Measure Salvar. Coloque-os na pasta de dados experimentais. Os ROIs podem ser abertos mais tarde individualmente com o botão Open ou todos de uma vez com o botão Open All. Os ROIs oval e retangular podem ser restaurados individualmente a partir dos valores x, y, l, h com o ROI de Plugins Especificar ROI. comando. Ratiometric imagens compara as gravações de dois sinais diferentes para ver se há alguma semelhança entre eles. Ele é feito dividindo um canal por outro canal para produzir um terceiro canal ratiométrico. Esta técnica é útil porque corrige o vazamento de corante, o carregamento de corante desigual eo foto-branqueamento. Um exemplo de aplicação seria a medição do íon intracelular, pH e dinâmica de tensão em tempo real. A subtração de fundo é necessária antes da análise das imagens de relação de canal duplo. Veja também a seção de correção de fundo. O plug-in RatioProfiler irá executar a análise ratiométrica de um ROI único em uma pilha intercalada de canal duplo. As fatias ímpares são imagens do canal 1 e as fatias pares são imagens do canal 2. Se seus dois canais são abertos como pilhas separadas, como Zeiss, os dois canais podem ser entrelaçados (misturados entre si alternando entre eles) com o comando de menu Plugins Stacks - Shuffling Stack Interleaver. O plugin irá gerar um gráfico verde dos valores de razão. Ch1Ch2 é o padrão e você pode obter Ch2Ch1 se o plugin é executado com a tecla Alt para baixo. Também gerará um segundo gráfico das intensidades dos canais individuais, Ch1 e Ch2, bem como uma tabela de resultados. A primeira linha da tabela de resultados contém valores para x, y, largura e altura do ROI. A partir da segunda linha para baixo, a primeira coluna é o tempo (número da fatia), a segunda coluna é a intensidade média Ch1 eo terceiro canal é a intensidade média de Ch2 e o valor da razão. A pilha deve ter seu intervalo de quadros calibrado para que o valor de tempo seja em segundos. Caso contrário, é Slices. O intervalo de quadros pode ser definido para a pilha através do comando de menu Propriedades de imagem. Esta tabela pode ser copiada para a área de transferência e colada em outro lugar com o comando de menu Editar tudo copiar. Ratio Analysis Usando o ROI manager 1.Subtrair o fundo da imagem. 2. Abra o Gerenciador de ROI (Gerenciador de ROI das Ferramentas de análise) e clique no botão Mostrar tudo. 3. Selecione as células a serem analisadas e adicione-as ao gerenciador de ROI (botão Adicionar ou tecla T do teclado). 4. Execute o plug-in. A janela de resultados contém a média de ch1 e ch2 e sua relação. Cada linha é um ponto de tempo (fatia). A primeira linha contém os detalhes ROI. Para gerar uma imagem de referência: Aplique a pilha com o comando de menu (Image Stacks Z-project com Projection type: Maximum), Ajuste o brilho eo contraste, se necessário. Selecione a nova imagem e clique no botão Mais no gerenciador de ROI. Depois disso, selecione Rótulo. Obtendo dados de carimbo de data / hora O LSM Toolbox é um projeto que visa a integração de funções úteis comuns em torno do formato de arquivo LSM da Zeiss, que deve aumentar a usabilidade de arquivos LSM confocal mantidos em seu formato nativo, preservando assim todos os metadados disponíveis. Em Fiji, os comandos correspondentes são: Importar arquivo Mostrar LSMToolbox que exibe a caixa de ferramentas, a partir da qual todos os comandos podem ser chamados e Ajuda Sobre Plugins LSMToolbox. Que exibe informações sobre o plug-in. Esta leitura pode ser encontrada usando o comando de menu Image Show Info. . Role para baixo para obter o tempo cada fatia foi adquirida. Selecione esse tempo, copie-o para o Excel e localize o número de tempo obtido usando o comando de menu Editar Substituir do Excel. Isso deixará apenas os dados de tempo. O tempo decorrido pode então ser calculado subtraindo a linha 1 de todas as linhas subsequentes. Linescanning envolve a aquisição de uma única linha, um pixel de largura, de um microscópio confocal comum em vez de uma imagem 2D padrão. Esta é geralmente uma forma mais rápida de tirar uma imagem. Todas as imagens de um único pixel são empilhadas para recriar a imagem 2D. Uma geração pseudo-linescan de uma imagem 3-D (x, y, t). É útil para exibir dados 3-D em 2 dimensões. Uma linha de interesse é desenhada seguida pelo comando: Image Stacks Reslice ou com o botão do teclado /. Ele irá perguntar-lhe para a largura da linha que você deseja ser calculada a média. Ele irá gerar uma pilha pseudo-linescan com cada fatia representando o pseudo-linescan de uma linha de um único pixel de largura ao longo da linha de interesse. Média da pilha pseudo-linescan selecionando Image Stacks Z-Project. E use o comando Média. Uma poli-linha pode ser utilizada, mas isso só irá gerar uma única fatia de pixel. As configurações padrão do Fijis assumem que as pilhas são z - series em vez de t - series. Isto significa que muitas funções relacionadas com a terceira dimensão de uma pilha de imagens são referidas com um z-. Basta manter isso em mente. Análise FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching) O plugin FRAP profile analisará a intensidade de um ROI branqueado ao longo do tempo e o normalizará contra a intensidade da célula inteira. Depois disso, vai encontrar a intensidade mínima no ROI branqueado e ajustar a recuperação com este ponto em mente. Abra o gerenciador de ROI. Desenhe o ROI branqueado e adicione-o ao gerente de ROI. Desenhe a célula inteira e adicione isso ao gerente de ROI. A normalização corrige o branqueamento que ocorre durante a aquisição da imagem e assume que toda a célula está no campo de visão. O plugin assume que o maior dos dois ROIs no gerente de ROI é o ROI da célula inteira e que o ROI menor é a parte branqueada. Execute o complemento FRAP profiler. O plugin retornará o gráfico de intensidade versus tempo, a intensidade normalizada versus o gráfico de tempo da área branqueada eo ajuste de curva. Equilíbrio de contraste não-linear Equalização Você pode ter mais controle sobre os ajustes de brilho e contraste com o comando do menu Process Enhance contraste. Com uma pilha, analisa o histograma de cada fatia para fazer o ajuste. O comando Equalizar contraste aplica um trecho não linear do histograma baseado na raiz quadrada de sua intensidade. Gamma executa um ajuste de histograma não-linear. Objetos fracos tornam-se mais intensos enquanto objetos brilhantes não (gamma lt1). Além disso, objetos de média intensidade tornam-se mais fracos enquanto objetos brilhantes não (gamma gt 1). A intensidade de cada pixel é aumentada para a potência do valor gama e, em seguida, dimensionada para 8 bits ou para o mínimo e máximo de imagens de 16 bits. Para imagens de 8 bits Nova intensidade 255 (antiga intensidade255) gamma A gama pode ser ajustada através do comando Gamma de matemática de processo. Ele permitirá que você ajuste a gama com a barra de rolagem. Clique em Ok quando tiver terminado. Você pode usar a barra de rolagem para determinar o valor de gama desejado em uma fatia de sua pilha. Há também uma opção para visualizar os resultados. Consulte a referência on-line para obter uma explicação dos filtros digitais e como eles funcionam. Os filtros podem ser encontrados usando o comando de menu Filtros de processo. . Filtro médio. O pixel é substituído com a média de si mesmo e seus vizinhos dentro do raio especificado. O item de menu Processo Suave é um filtro médio de 33. Filtro Gaussiano. Isso é semelhante a um filtro de suavização, mas substitui o valor de pixel por um valor proporcional a uma distribuição normal de seus vizinhos. Filtro mediano. O valor de pixel é substituído pela mediana de si mesma e seus vizinhos adjacentes. Isso remove o ruído e preserva limites melhor do que a filtragem média simples. O item de menu Process Noise Despeckle é um filtro mediano 33. Filtro de conversão: Isso permite que duas matrizes de números sejam multiplicadas. As matrizes podem ser tamanhos diferentes mas devem ser da mesma dimensão. Na análise de imagem este processo é geralmente utilizado para produzir uma imagem de saída onde os valores de pixel são combinações lineares de certos valores de entrada. Mínimo: Este filtro, também conhecido como filtro de erosão, é um filtro morfológico que considera a vizinhança em torno de cada pixel e, a partir dessa lista de vizinhos, determina o valor mínimo. Cada pixel na imagem é então substituído com o valor resultante gerado por cada vizinhança. Máximo: Este filtro, também conhecido como filtro de dilatação, é um filtro morfológico que considera a vizinhança em torno de cada pixel e, a partir dessa lista de vizinhos, determina o valor máximo. Cada pixel na imagem é então substituído com o valor resultante gerado por cada vizinhança. Filtro de Kalman. Este filtro, também conhecido como Estimação Quadrática Linear, opera recursivamente em entradas ruidosas para calcular uma estimativa estatisticamente ótima do estado do sistema subjacente. Correção de fundo pode ser feito de várias maneiras. Um método simples é usar as tabelas de pesquisa de imagem HiLo LUT para exibir valores zero como valores de azul e branco (valor de pixel 255) como vermelho. Com um plano de fundo relativamente uniforme na imagem, remova-o com o comando Brilho / Contraste aumentando lentamente o valor Mínimo até que a maior parte do plano de fundo seja exibida em azul. Pressione o botão Aplicar para fazer uma alteração permanente. Correção de fundo de bola rolante Para corrigir um plano de fundo irregular, use o comando de menu Subtrair fundo. Isto usará um algoritmo da esfera de rolamento no fundo desigual. O raio deve ser definido para pelo menos o tamanho do objeto maior que não faz parte do plano de fundo. Pode igualmente ser usado remover o fundo dos geles onde o fundo é branco. Executar o comando várias vezes pode produzir melhores resultados. O usuário pode escolher se deseja ou não ter um fundo claro, criar um plano de fundo sem subtração, ter um deslizante parabolóide, desabilitar suavização ou visualizar os resultados. O valor padrão para o raio da esfera de rolagem é de 50 pixels. Processar subtrair fundo.